1、 品种的遗传特性
棉花纤维品质很大程度上取决于品种遗传特性，目前新疆审定和推广种植的众多陆地棉品种，纤维长度以中绒档次（28-30毫米）为主；整齐度指数以较高档次（83%-85%）为主；断裂比强度以中档（26-28厘牛/特）至强档次（29-31厘牛/特）为主；马克隆值则以B1(4.3-4.9)和C2(5.0以上)为主。纤维强度和细度较差，达不到高品质棉的要求，而且品种的适应性和稳产性较差，这些棉纤维品质只能维持现状，远远不能满足生产与市场对高品质棉的需求。
2、棉花的生产栽培管理及气候环境影响
2.1、栽培管理技术存在的问题
2.1.1、盲目追求高密度：新疆棉花产量高主要应用了“矮、密、早”的种植模式，在应用高密度栽培模式时，有些棉农盲目将保苗数增至1.8～2万株/亩，加之头水追肥时氮肥使用量偏多，导致棉花营养生长势强，枝叶繁茂，田间密闭通风透光差，病虫害加剧、蕾铃脱落及烂铃数增多。
2.1.2、肥水管理的随意性：田间施肥种类单一，以化肥为主；前期施肥多，后期脱肥、早衰。
2.1.3、病虫害防治盲目性：棉田病虫发生主要采用化学药剂防治。并且使用的农药种类带有很大盲目性，不分杀虫杀螨，不分内吸触杀。而且经常是几种药剂混合，同时还增加叶面肥和化肥。采用背负式喷雾器喷药时用水量不够，有的地方没有井水，采用含碱的渠水和水坑积水，导致所用药剂失效。
2.1.4、乱用叶面肥和生长调节剂：棉农使用叶面肥常常是2种或更多种混用，且不合理的多次使用，致使棉花叶片面积增大、枝叶茂盛、叶色浓绿至黑绿，营养生长过旺。所造成的负面作用是由于郁闭遮光，导致脱落量增加，蕾铃形成偏晚，成熟期推迟，纤维发育差。
2.1.5、残膜量逐年增加：棉田残膜回收量甚少，或基本上不回收，导致残膜逐年增加。同时为了减低成本，农膜选择0.005mm超薄膜，回收则更困难。
2.1.6、盲目扩大种植面积：宜棉区耕地有限，棉田只能向非宜棉区扩张，加之劳力不足，水资源短缺造成棉花缺水干旱，管理粗放，棉花产业可持续发展水平低。
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